Mănăstirea Văratec a fost fondată de Schimonahia Olimpiada, fiică de preot, după moartea soțului s-a dedicat vieții monahale. Împreună cu duhovnicul ei Iosif și îndrumată de Paisie Velicicovschi, starețul Mănăstirii Neamț, în anul 1785 au început construirea mănăstirii.
Mănăstirea a fost de la început menită ca lăcaș pentru maici. În 1787, Schitul Văratec a fost unit cu Schitul Topolița. În urma acestei uniuni au venit la mănăstire călugărițele de la Topolița. În anul următor s-au mutat la Văratec și călugărițele de la Schitul Durău.
Printr-un decret monahal, în anul 1803, la mănăstirea Văratec a fost înființată o școală monahală de meserii și de cultură generală pentru călugărițe. Aici puteau învăța psaltichie, meșteșugul broderiei și țesătoriei și limba greacă. Tot în anul 1803, au fost mutate la mănăstire și călugărițele din Schitul Prapa Doamna, Gârcina și Vânătorii Pietrii.
Cu toate aceste schimbări, uniri și mutări, în anul 1811 mănăstirea Jăratec găzduia 273 călugărițe, dintre care 197 maici și 76 surori de ascultare. Datorită acestei creșteri, biserica de lemn a devenit neîncăpătoare. De aceea, stareța Nazaria a hotărât construirea unei alte biserici. De data aceasta din piatră.
La Revoluția din 1821, în urma invaziei otomane, Schitul a fost asediat, odoarele furate, călugărițele ucise sau izgonite. În timpul acestei tragedii, Maica Olimpiada s-a refugiat la Mănăstirea Secu din Neamț.
După calmarea lucrurilor, Maica Olimpiada a început să construiască iar. Și-a donat toată averea și toate moștenirile mănăstirii Văratec. Câteva soții de boieri i-au urmat exemplul și au donat moșii acestui așezământ monahal. În anul 1844 Biserica din lemn „Nașterea Sf. Ioan Botezătorul” a fost refăcută în piatră. În perioada anilor 1845-1847 s-a construit Biserica „Schimbarea la Față”.
Mănăstirea Văratec a fost un loc deosebit la vremea aceea, deoarece au funcționat aici mai multe școli: școală de muzică bisericească, școală sătească mixtă, școala primară de fete, școală de adulte pentru călugărițele cu vârsta sub 50 de ani, care nu au absolvit clasele primare, seminarul monahal pentru călugărițe și școala monahală și de cântări bisericești.
În noaptea 10-11 iunie 1900 a avut loc un incendiu care a ars cea mai mare parte a chiliilor și acoperișul bisericii mari. Acoperișul a fost refăcut, dar nu cum era înainte, ci doar cu două turle (cele de lemn nu au mai fost reconstruite).
În anul 1909, Mănăstirea Văratec găzduia 304 maici și surori.
La îndemnul mitropolitului Pimen Georgescu, în 1934 a fost înființat atelierul „Regina Maria” unde maicile să lucreze broderii bisericești, țesături naționale și covoare. După 7 ani în mănăstirea funcționau următoarele ateliere: legătorie de cărți, broderie bisericească, covoare, țesut pânză, tricotaj, artă decorativă și pictură bisericească. În anul 1960, s-a amenajat aici o o bogată colecție muzeală.
În anul 1934 a fost amplasată în grădina mănăstirii statuia în bronz a Saftei Brâncoveanu realizată de sculptorul Ion Jalea.
Mănăstirea Văratec a găzduit-o pe Veronica Micle, care s-a retras aici la două săptămâni de la înmormântarea poetului Mihai Eminescu. Se confrunta cu migrene și depresie. În noaptea 2-3 august 1889, Veronica Micle s-a sinucis cu arsenic. Poeta a fost înmormântată în cimitirul mănăstirii, la umbra unui brad.
În perioada anilor 1960-1961 a fost amenajat un muzeu în cadrul mănăstirii. În muzeu sunt expuse colecții de obiecte bisericești – broderii, vase liturgice, icoane, cruci, manuscrise, cruci – cu valoare istorică și artistică. Câteva exemple de obiecte de patrimoniu pe care le găzduiește muzeul din mănăstirea Văratec: icoanele din secolul al XV-lea de la Mănăstirea Rășca, icoanele îmbrăcate în anul 1827 în argint aurit de către meșterul argintar Ion Atanasiu, icoanele din veacurile XVI-XVII de la bisericile din Văleni și Toplița, un epitaf lucrat în fir de aur și argint de Smaranda Niculce în 1798, o cruce cu trei brațe sculptată în lemn de chiparos făcută în 1596, felon, epitrahil și mânecuțe cu motive florale, brodate pe catifea grena cu fir de aur și argint de Safta Brâncoveanu, crucea de procesiune din lemn de măslin donată în 1852 de Gheorghe și Maria Hermeziu, Hronograf, manuscris legat în piele copiat în 1805 de maica Olimpiada, Evanghelia cea mare tipărită la Mănăstirea Neamț în 1821, potirul din argint aurit dăruit în 1840 de Safta Brâncoveanu.
În prezent, Mănăstirea Văratec găzduiește peste 400 de maici, fiind cea mai mare mănăstire de maici din România.